Sebelumnya, Pusat Pelatihan dan Pengembangan dan Kajian Desentralisasi Daerah (Puslatbang KDOD) bernama Pusat Kajian dan Pendidikan dan Pelatihan Aparatur III Lembaga Administrasi Negara (PKP2A III LAN).

Pendirian PKP2A III LAN mempunyai riwayat yang cukup singkat namun tidak mengurangi makna sebenarnya dari sebuah Institusi. Diawali dengan pertemuan yang dilakukan oleh Asisten IV, Kepala BKD, Kepala Badan Diklat Provinsi Kalimantan Timur dengan Lembaga Administrasi Negara di Jakarta tanggal 8 Agustus 2002, yang kemudian ditindaklanjuti dengan Surat Kepala Lembaga Administrasi Negara Nomor 537/IX/1/10/2002 tertanggal 29 Agustus 2002 tentang Penyampaian Pokok-Pokok Pikiran dalam Pengembangan Pusat Kajian dan Pendidikan dan Pelatihan Aparatur di Samarinda.Rencana pembentukan PKP2A III LAN di Samarinda disambut positif oleh Pemerintah Daerah Provinsi Kalimantan Timur dengan diterbitkannya Surat Gubernur Provinsi Kalimantan Timur Nomor 61/7232/org, tanggal 27 Nopember 2002 perihal Persetujuan Pembentukan PKP2A Regional Wilayah Kalimantan. Surat Gubernur tersebut kemudian ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Kepala LAN Nomor 14/Kep/I/2003 jo. Nomor 173B/Kep/VIII/2003 tanggal 28 Agustus 2003 tentang Rancangan Organisasi LAN, dan Surat Keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor B/1021/M.PAN/6/2004 tentang Pembentukan PKP2A III LAN Samarinda.

Rapat persiapan Operasionalisasi PKP2A III LAN Samarinda dilakukan pada hari Senin, tanggal 18 Oktober 2004, pukul 13.00 WIB. Rapat tersebut dihadiri oleh Sekretaris Utama LAN (Elis Kantiningsih) selaku Pimpinan Rapat, Sigit Purwanto (Kepala Biro Umum), Panani (Kepala Biro POK), Supono (Kepala Bagian Kepegawaian), Tri Saksono (Kepala Bagian Perencanaan), Makmun (Kepala Bagian Rumah Tangga), Etty Kurniasih (Kepala Bagian Keuangan), dan Tim Persiapan Operasionalisasi PKP2A III LAN, yang diantaranya Desi Fernanda selaku Ketua Tim, Tri Widodo Wahyu Utomo (Sekretaris merangkap Anggota), Gugum Gumelar (Anggota Tim), Baharuddin (Anggota Tim), dan Aryono Mulyono (Anggota Tim). Akhirnya pada bulan April 2005 ditetapkanlah para Pejabat Struktural PKP2A III LAN, sekaligus sebagai pertanda bahwa Pusat Kajian dan Pendidikan dan Pelatihan Aparatur III LAN di Samarinda telah terbentuk dan memulai kiprahnya hingga tahun 2019.

Kurang lebih 15 tahun PKP2A III LAN telah dikenal oleh mitra kerjanya baik di lingkungan pemerintah pusat, daerah, dan masyarakat. Selanjutnya pada awal tahun 2019, ditandai dengan keluarnya Peraturan Lembaga Administrasi Negara Nomor 1 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Administrasi Negara PKP2A III LAN bertransformasi menjadi Pusat Pelatihan dan Pengembangan dan Kajian Desentralisasi dan Otonomi Daerah atau saat ini dikenal dengan Puslatbang KDOD.